In Sakura Quest triffst du ein japanisches Mädchen, das in ihr Heimatdorf zurückgekehrt ist, um ihre Abstammung herauszufinden. Sie wird von einer entfernten Verwandten in ihrem Alter empfangen und die beiden Mädchen werden die Geschichte ihrer Familie erkunden. Was eng mit der Geschichte des Dorfes und seiner Bewohner verbunden ist.