An jedem Ort haben sich Spione niedergelassen und die Aufgabe Ihres Agenten in Mr Spy Shooter 3D besteht darin, den Feind zu finden und zu vernichten. Dazu verwenden Sie Kleinwaffen mit unbegrenztem Munitionsvorrat. Da jedoch nicht jedes Ziel direkt erreicht werden kann, verwenden Sie in Mr Spy Shooter 3D Abpraller oder Sprengstoffe.